Pythonのビルドまわりの設定はpyproject.tomlに記述することが一般的である。 これはPEP518によって定められている。
一方で、すべてのツールがpyproject.tomlをサポートしているわけではなく、静的解析ツールである flake8 などは pyproject.tomlをサポートしていない。 このため、 .flake8 ファイルなどで別途設定を記述する必要がある。
pyproject.toml対応についても議論されているが、現時点では積極的に対応を進めている状況ではない。
どうしてもpyproject.tomlを利用したい場合はflake8のラッパーツールである pflake8 を使うとよい。